Cette question est trop vaste pour une réponse générale en un post.
Mais quand on voit votre config et la taille de la base, il n'y a pas à réfléchir ; c'est InnoDB !
InnoDB, c'est , quand la mémoire est grande, une sorte de myIsam en mémoire avec copie sur disque, reprise sur panne et langage évolué pour plus d'optimisation. Votre couverture innodb , 2 Go / ( 350 Mo + 50% ) sera de 400% ! N'utilisez que InnoDB.
Ce n'est pas toujours vrai parce que certaines tables myIsam ne peuvent être converties en InnoDB et réciproquement. Utilisez vous des tables très larges en colonnes et contenu par ligne avec beaucoup de formats blob et text ? Si oui, vous ne pourrez les créer qu'en myIsam.
Avec autant de Ram en plus, il faut envisager de passer en row format fixed au lieu de row format dynamic. C'est là que vous ferez la différence.