Mysql 5.6 n'est pas moins sécurisé que 5.7.
Mais la dernière version de 5.6 traite de 10 à 15% plus de requêtes à la seconde que la dernière version de 5.7.. Elle est aussi plus rapide que toutes les versions de mariadb. Ce dernier n'a toujours pas résolu quelques problèmes de lenteur dans un cas spécifique mais qui survient beaucoup en hébergement. On peut aussi considérer mariadb comme une autre version de mysql.
Et non, il n'y a pas de véritable migration à effectuer puisque le sql est strictement compatible avec la version précédente.
Pareil pour Apache 2.2 qui est notre choix quand il y a php, sinon on installe 2.4. Certes, il consomme un petit rien de mémoire en plus mais il est aussi sécurisé ( après nos patchs ) et il tourne php 10% plus vite.
Ces serveurs et language ont tous des versions expérimentales très avancées. Nous les testons aussi. Mais avant d'arriver en production , il vaut mieux assurer comme le font php 5.6, mysql 5.6 et apache 2.2 ( tous patchés pour éviter les embrouilles entre voisins )
Vous avez peut être noté le doublement de vitesse sql dans le passage de 5.5 à 5.6. Ce n'est pas qu'une histoire de version : il y a plus de ram et bogomips, une config de base trouvée après des centaines d'essais, notre module de reconfiguration dynamique et bien sûr 5.6
EDIT : c'était la réponse en janvier, depuis les choses se sont arrangées. Les migrations sont transparentes et progressives. Un petit stress à venir peut-être avec php 7.2 mais un kit de compatibilité totale est annoncé.